Parce qu'une grande partie de la population japonaise vit dans un si petit pourcentage du pays (environ 70 pour cent sur trois pour cent du territoire), la plupart des régions restantes du Japon sont assez peu développées. Néanmoins, on pense qu'environ 20 pour cent seulement de la végétation d'origine du pays reste intacte.
Après la Seconde Guerre mondiale, l'Agence des forêts du Japon a encouragé la coupe à blanc des forêts de conifères de haute altitude et les a remplacées par des essences japonaises telles que le sugi (cryptomeria japonica) et Kara-matsu (Larix leptolepis). Aujourd'hui, les plantations sont très répandues au Japon. Cependant, contrairement à de nombreux autres points chauds, les forêts restantes du Japon ne sont pas menacées par l'exploitation forestière, en raison du coût élevé du bois japonais par rapport aux importations bon marché d'autres pays.
D'un autre côté, la richesse du Japon et son intérêt accru pour les loisirs ont exercé une pression différente sur l'environnement naturel. Les forêts sont défrichées pour les stations de ski et les terrains de golf, et davantage de routes sont construites pour répondre à l'augmentation constante du nombre d'automobiles et au désir croissant d'utiliser les transports privés plutôt que publics. En outre, les améliorations apportées aux transports publics, tels que le train à grande vitesse, ont rendu encore plus facile les déplacements dans des zones autrefois reculées et peu développées du pays.
Les régions côtières et les zones humides sont également perdues au profit du développement, principalement de l'expansion agricole, de la canalisation des rivières et de la construction de routes. À Hokkaido, les zones humides favorisées par la nidification des grues à couronne rouge continuent d'être perdues en raison du développement, principalement de l'expansion agricole, de la canalisation des rivières et de la construction de routes.
Comme sur les îles principales, les petites îles de l'archipel Ryukyu et de l'archipel d'Ogasawara ont perdu leur habitat à cause des plantations de bois et du développement urbain. Presque toute la forêt subtropicale d'origine de l'archipel d'Ogasawara a été défrichée, et dans l'archipel Ryukyu, il ne reste que de petites zones sur Amami et Okinawa, principalement dans des zones protégées.
Enfin, les plantes et animaux exotiques envahissants constituent une menace pour la faune et la flore indigènes du Japon. Certaines de ces espèces, dont la mangouste grise indienne (Herpeste edwardsi), mangouste de Java (H. javanicus) et la belette de Sibérie (Mustela sibirica) ont été introduits à des fins de contrôle des serpents, mais ont plutôt causé des déclins importants de nombreux oiseaux et petits mammifères indigènes. Les chèvres introduites sont un problème sur plusieurs îles, et l'achigan à grande bouche (Micropterus salmoides) constituent une menace sérieuse pour les poissons indigènes dans tout le hotspot.