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Plants
Le Japon abrite environ 5,600 XNUMX espèces de plantes vasculaires, dont environ un tiers serait endémique. Parmi les plantes remarquables du Japon, il y a un certain nombre d'espèces endémiques rares qui sont bien connues dans les jardins, au Japon et dans le monde dans les climats tempérés. Ceux-ci incluent Shirane-aoi (Glaucidium palmatum) et Togakushis gouma (Ranzanie japonica), que l'on ne trouve que dans les hautes montagnes du centre au nord de Honshu.
Oiseaux
Près de 370 espèces d'oiseaux sont connues pour se produire régulièrement au Japon, bien que seulement 13 soient endémiques parmi lesquelles le pic d'Okinawa en danger critique d'extinction (Dendrocopos noguchii) et l'œil blanc de Bonin (Apalopteron familier). Le Japon abrite également d'importantes populations d'oiseaux d'eau, notamment des populations de grue à couronne rouge en voie de disparition (Grus japonais).
Tragiquement, le Japon a déjà subi une crise d'extinctions d'oiseaux, avec un certain nombre d'espèces du sud de l'archipel Ryukyu et de l'est de l'archipel d'Okasawara, perdues au cours des deux derniers siècles. Ceux-ci incluent le ramier Ryukyu (Colomba jouyi) et le palombe de Bonin (C. versicolor), la grive de Bonin (Zoothera terrestre), et le gros-bec de Bonin (Carpodacus ferréorostris). Ces quatre extinctions étaient principalement dues à l'introduction d'espèces exotiques, en particulier de rats et de chats.
mammifères
Le Japon n'abrite qu'environ 90 espèces de mammifères, mais environ la moitié d'entre elles sont endémiques au hotspot. L'île de Sado, une île située à moins de 1,000 XNUMX km² au large de l'ouest de Honshu, abrite un mammifère endémique, la musaraigne de Sado, la taupe de Sado (Mogera tokudae).
L'un des mammifères les plus connus au Japon est le macaque japonais (Macaca fuscata), le singe vivant le plus au nord du monde. Une sous-espèce, le macaque Yaku-shima (M. fuscata yakui), se trouve uniquement sur l'île de Yaku.
Reptiles
Le Japon compte plus de 65 espèces de reptiles, dont près de 30 sont endémiques. La faune de reptiles comprend un certain nombre d'espèces menacées, la tortue à poitrine noire Ryukyu en voie de disparition (Géoemyda japonica,) et la couleuvre de Kikuzato en danger critique d'extinction (Opisthotropis kikuzatoi) parmi eux.
Amphibiens
L'endémisme est particulièrement élevé chez les amphibiens, avec 44 des 50 espèces trouvées uniquement au Japon. Le genre amphibien Hynobie est très bien représenté, avec environ 15 des 25 espèces connues dans le monde endémiques du hotspot, dont l'une, la salamandre Oki en danger critique d'extinction (H. okiensis), se limite entièrement à Dogo, de l'Okino-shima dans la préfecture de Shimane.
La salamandre géante du Japon (Andrias japonicus), que l'on trouve dans l'ouest de Honshu, Shikoku et Kyushu, peut atteindre plus d'un mètre de long et est l'un des plus grands amphibiens du monde. Autrefois menacée par la consommation humaine, la salamandre est aujourd'hui considérée comme un monument naturel et protégé par la loi.
Poissons d'eau douce
Le Japon compte près de 215 espèces indigènes de poissons d'eau douce, dont plus de 50 sont endémiques. Alors que la plupart des eaux intérieures sont dominées par les poissons venant de la mer, il existe également une représentation significative de groupes strictement d'eau douce, y compris les vairons (Cyprinidae) et les loches (Cobitidae et Balitoridae) qui se sont diversifiés dans le hotspot et représentent près de la moitié des espèces endémiques. espèces et trois des quatre genres endémiques. La présence de cinq lamproies et de quatre esturgeons issus de lignées anciennes signifie que le Japon détient également une part disproportionnée de l'histoire évolutive des poissons.
Invertébrés
Certains groupes d'invertébrés sont très bien documentés au Japon. Par exemple, on pense que près de 240 espèces de papillons sont originaires du Japon (bien que cela inclue des espèces naturalisées), et près de 25 espèces de cicindèles sont recensées dans le hotspot (dont environ un quart sont endémiques).