Partout à Wallacea, il y a eu un manque historique d'investissement dans la conservation, en particulier, et le développement économique en général. Pour être pertinent, le CEPF doit octroyer des subventions qui, tout en promouvant la conservation, soutiennent les programmes de croissance économique des deux pays du hotspot, l'Indonésie et le Timor-Leste.

Le CEPF reconnaît que les communautés locales et leurs organisations sont les gardiens ultimes de la biodiversité de Wallacea, mais leurs niveaux de capacité varient considérablement. Ainsi, notre stratégie se concentre sur le renforcement de cette capacité par le biais de partenariats, de réseaux et de mentorat avec des organisations à but non lucratif nationales et internationales, des universités et des entreprises privées.

Dans les zones géographiques où les institutions coutumières et les pratiques de gestion prévalent encore, le CEPF adopte une approche qui les soutient en premier, même si cela signifie ne pas créer d'aires protégées formelles.

Les subventions du CEPF donnent la priorité aux espèces mondialement menacées dans le hotspot qui nécessitent une action spécifique et immédiate pour les protéger contre la collecte ou la mise à mort pour la consommation et le commerce.