La principale menace pour les forêts des forêts de pins et de chênes de Madrean est l'exploitation forestière. L'exploitation des pins et, dans une moindre mesure, des chênes pour le bois d'œuvre s'est accrue, devenant par endroits indiscriminée. En outre, de nombreux produits forestiers non ligneux sont également utilisés de manière non durable. Par exemple l'épiphyte vasculaire (Tillandsia usneoides) est extrait à des fins ornementales de Noël au Mexique, et une grande variété de champignons dans les forêts de pins et de chênes, y compris des espèces des genres Amanite, Leccinum, Russuleet Boletus, sont collectés à des fins culinaires.
Le feu est en partie un processus naturel dans cet écosystème, mais le brûlage intentionnel pour favoriser la régénération des pousses fraîches pour le pâturage du bétail ou pour défricher des terres à des fins agricoles modifie les habitats dans toute la région. Dans le sud de l'Arizona, 90 ans de suppression des incendies par les agences fédérales et étatiques et la modification des combustibles par le pâturage et d'autres causes, ont conduit à des forêts de conifères à des altitudes plus élevées passant du pin ponderosa cultivé en plein air (pin ponderosa) aux peuplements denses de conifères mixtes.
La nature fragmentée du hotspot rend difficile l'obtention d'une estimation fiable de la quantité de végétation d'origine restée intacte. Les forêts de pins et de chênes couvraient autrefois environ 21 pour cent du Mexique, mais ces forêts restantes ne couvrent plus que 8 pour cent environ. De telles estimations, cependant, ne tiennent pas compte des peuplements qui ont été touchés par le feu et le surpâturage, et il semble donc raisonnable de s'attendre à ce que pas plus de 20 pour cent environ de la végétation d'origine du hotspot puisse être considérée comme vierge.