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Le Fonds de partenariat pour les écosystèmes critiques est une initiative conjointe de l'Agence Française de Développement, de Conservation International, de l'Union européenne, de la Fondation Hans Wilsdorf, du Fonds pour l'Environnement Mondial, le gouvernement du canada, du gouvernement du Japon et de la Banque MondialeL’un des objectifs fondamentaux est de garantir que la société civile s’engage dans la conservation de la biodiversité.
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Mobiliser l'expertise d'un grand nombre de scientifiques pour identifier les zones clés de biodiversité d'eau douce à Madagascar ; les espèces d'eau douce de la liste rouge qui n'ont jamais été inscrites sur la liste rouge ou qui ont des évaluations obsolètes ; et identifier les sites les plus importants pour la conservation de la biodiversité d'eau douce. Partager les résultats avec le gouvernement malgache et les gestionnaires d'aires protégées, en tant qu'outil pour renforcer la gestion des écosystèmes d'eau douce, et pour guider l'expansion future du réseau d'aires protégées en incluant les écosystèmes d'eau douce les plus importants.
Direction stratégique: 2 Permettre à la société civile d'intégrer la biodiversité et la conservation dans la prise de décision politique et économique.