Aujourd'hui, seulement 30 pour cent de la végétation d'origine du sud-ouest de l'Australie reste dans un état plus ou moins vierge. Les menaces pesant sur la biodiversité du hotspot comprennent :
L’agriculture
Le plus grand impact humain dans le sud-ouest de l'Australie a été le défrichage de la végétation indigène pour l'agriculture. Le développement agricole a commencé en 1829, avec l'arrivée des premiers colons européens dans la région. Cependant, en raison des sols pauvres, le développement a progressé lentement jusqu'aux années 1890, lorsque les engrais phosphatés ont été introduits. Aujourd'hui, la plupart des terres privées utilisables dans la région sont cultivées, même si cela nécessite l'application de phosphate, ainsi que de zinc, de cuivre, de cobalt et de molybdène.
Incendies
En raison des longues saisons sèches de la région, les feux de brousse sont traditionnellement utilisés pour la chasse et le défrichage. Bien que les plantes indigènes soient hautement adaptées au feu, l'altération ou l'intensification des régimes de brûlage peut modifier considérablement la composition et l'état de la végétation naturelle.
Maladie des racines
L'une des menaces actuelles les plus graves pour la végétation naturelle du sud-ouest de l'Australie est la propagation de la maladie des racines, ou "dépérissement de la jarrah" causée par le champignon des racines. Phytophthora Cinnamomi. La maladie a été remarquée pour la première fois dans les forêts de Jarrah en 1940 mais n'a été identifiée qu'en 1965. À cette époque, des milliers d'hectares de forêt avaient été infectés et tués. La maladie des racines se propage maintenant à d'autres habitats, y compris les zones arbustives de kwongan, et en particulier le parc national de Stirling Range, où elle a causé la mort de plantes sensibles comme les graminées (Xanthorrhée spp.) et les membres des Proteaceae, en particulier les Banksias.
Mines
L'exploitation minière à grande échelle de la bauxite est de plus en plus une menace pour les écosystèmes du hotspot ; la région est l'un des plus gros producteurs d'alumine au monde. L'exploitation minière à ciel ouvert détruit les habitats et pollue les cours d'eau. Cependant, les récents efforts de remise en état ont réussi à établir des plantes indigènes dans des puits de mine abandonnés, une technique qui est prometteuse pour la gestion des terres dans la région.
Espèces exotiques introduites
Les espèces exotiques introduites, en particulier les renards et les chats, menacent la faune indigène et ont causé un déclin important d'espèces comme le numbat en voie de disparition (Myrmécobius fasciatus) dans le sud-ouest de l'Australie. Les gestionnaires des terres ont réussi à empoisonner ces espèces exotiques avec du fluoroacétate de sodium ; étonnamment, les mammifères indigènes sont immunisés contre le poison parce que le composé se trouve naturellement dans les feuilles de nombreuses légumineuses indigènes.