Bien que les gens soient arrivés en Nouvelle-Zélande relativement tard, il y a environ 700 à 800 ans, les effets humains sur les écosystèmes terrestres et naturels ont été considérables. Le premier grand impact a été causé par la chasse, la pêche et la cueillette par les Maoris, qui ont causé l'extinction d'espèces d'oiseaux indigènes telles que les moas géants et les aigles.
Cependant, une menace encore plus grande pour la biodiversité indigène du hotspot était l'introduction d'espèces exotiques envahissantes. Lorsque les Européens sont arrivés sur les îles au début du XIX dont sont devenus envahissants. Conjointement avec l'impact de la chasse (et aussi la destruction massive de l'habitat), les deux cents dernières années ont vu l'extinction de 34 oiseaux terrestres, une chauve-souris endémique, un poisson, au moins une douzaine d'invertébrés et 16 plantes. Plusieurs autres espèces ne survivent qu'en petites populations sur les îles au large.
Aujourd'hui, les espèces exotiques envahissantes restent une menace importante pour la biodiversité de la Nouvelle-Zélande, mais la destruction à grande échelle de l'habitat, par la déforestation, le drainage des zones humides et la dégradation des écosystèmes, représente un problème tout aussi grave.