Les impacts de la déforestation et du surpâturage accrus, exacerbés par le doublement de la population humaine depuis le début des années 1970, ont entraîné un déclin notable d'un certain nombre d'espèces du hotspot. De nombreuses espèces des steppes, comme la grande outarde vulnérable (Otis est en retard), ont considérablement diminué en raison des projets d'expansion agricole et d'amélioration des cultures.
La plus grande menace pour la partie turque du hotspot irano-anatolien est le développement de systèmes d'irrigation pour l'agriculture et les infrastructures associées, telles que les barrages. Par exemple, dans le bassin fermé de Konya, l'utilisation excessive d'eau pour la culture de la betterave sucrière a entraîné la perte de nombreuses grandes zones de steppe et de lacs de bassin fermé. Le lac Sevan en Arménie et les zones humides des montagnes Javakheti en Géorgie sont également en grande partie détruits. Et dans la seule vallée d'Ararat, quelque 1,500 XNUMX kilomètres carrés de marécages ont été drainés pour le développement agricole.
Parmi les autres menaces qui ont entraîné une perte importante d'habitat dans le hotspot figurent le surpâturage, la surexploitation des plantes ligneuses pour le bois de chauffage et l'exploitation minière. Les opérations militaires en Irak, en Iran et en Turquie ont également entraîné la perte de forêts et de zones humides. Plus de 90 pour cent des steppes naturelles de la région ont disparu, bien que les prairies alpines couvrant les parties les plus élevées des montagnes soient en grande partie intactes. En Irak, il ne reste que quatre pour cent des forêts naturelles. Les seules zones boisées vierges se trouvent sur les montagnes inaccessibles du sud-est de la Turquie et dans les territoires voisins de l'Iran. Au total, pas plus de 15 pour cent de la végétation indigène d'origine de cet habitat reste intacte.