En 1988, un article révolutionnaire de l'écologiste britannique Norman Myers a identifié pour la première fois 10 « points chauds » de forêts tropicales caractérisés à la fois par un nombre exceptionnel d'espèces végétales uniques et de graves niveaux de perte d'habitat. En 1990, Myers a ajouté huit autres points chauds, dont quatre écosystèmes de type méditerranéen.
Conservation International, l'un des partenaires du CEPF les organisations partenaires des donateurs mondiaux a adopté les hotspots de Myers comme plan institutionnel en 1989 et, en 1996, l'organisation a entrepris une réévaluation du concept de hotspot, notamment en examinant si des zones clés de la planète avaient été négligées.
Trois ans plus tard, un examen mondial approfondi a été entrepris, qui a introduit des seuils quantitatifs pour la désignation des points chauds de la biodiversité et a abouti à la désignation de 25.
En 1999, le livre phare "Hotspots" est sorti. Peu de temps après sa publication, Conservation International, la Banque mondiale et le Fonds pour l'environnement mondial se sont réunis pour créer le partenariat CEPF afin de conserver ces précieux points chauds. La Fondation John D. et Catherine T. MacArthur, le gouvernement du Japon, l'Agence française de développement (Agence française de développement) et l'Union européenne ont ensuite rejoint le partenariat.
Les menaces et leurs impacts changent tout comme notre connaissance de la biodiversité. En 2004, basé sur le travail de près de 400 spécialistes, le livre "Hotspots Revisited" a été publié, reconnaissant neuf hotspots supplémentaires. L'une d'entre elles, les îles de l'Est de la Mélanésie, était en grande partie intacte lorsque le premier livre « Hotspots » a été publié. Moins d'une décennie plus tard, l'exploitation forestière endémique et l'établissement de plantations de palmiers à huile avaient dévasté l'habitat des îles, ne laissant que 30 pour cent des forêts restantes.
Après la publication de "Hotspots Revisited", deux hotspots supplémentaires ont été identifiés. En 2011, le Forêts de l'Est de l'Australie a été déclaré le 35e et en 2016, le Plaine côtière nord-américaine est devenu le 36e de la planète.