La Corne de l'Afrique est l'un des points chauds les plus dégradés au monde, avec seulement environ 5 pour cent de son habitat d'origine dans un état relativement vierge. La chasse incontrôlée, en particulier celle des ongulés, est une menace sérieuse dans de nombreuses parties du hotspot. Les autres menaces incluent :

Surpâturage

Presque toute la superficie de la région est utilisée pour le pâturage, principalement par les chameaux, les chèvres et les moutons. Le surpâturage et la dégradation des terres qui s'ensuit sont un problème dans de vastes zones, en particulier près des points d'eau. La culture itinérante est particulièrement destructrice dans certaines parties du centre et du sud de la Somalie, où la brousse et la forêt sont coupées et brûlées pour la culture du manioc. Les peuplements de nombreuses espèces d'arbres uniques, y compris le dragonnier à Socotra et le palmier daban en Somalie, deviennent de plus en plus matures avec peu de régénération.

Production de charbon de bois

La plus grande menace pour la végétation et la biodiversité en Somalie est la production incontrôlée de charbon de bois pour les besoins domestiques et l'exportation vers les pays de la région du golfe Persique.

L'arbre le plus recherché pour la production de charbon de bois est Acacia bussei. Bien que l'arbre lui-même ne soit pas une espèce menacée, les forêts autrefois dominées par Acacia bussei diminuent rapidement à mesure que la destruction des grands arbres modifie la composition et la structure des écosystèmes. Les projets agricoles dans la vallée du Rift et le long des rivières en Somalie et en Éthiopie menacent également la biodiversité des habitats riverains.

L'instabilité politique

L'obstacle le plus sérieux aux activités de conservation dans ce hotspot est peut-être le manque de gouvernance et l'instabilité politique. Les investissements étrangers et l'aide à la région ont été particulièrement rares.

Le développement des infrastructures

À Socotra, les principales menaces sont le développement des infrastructures, notamment la construction d'un nouveau port, d'un aéroport et de nouvelles routes. Bien qu'il existe un grand potentiel pour un écotourisme géré de manière sensible sur l'île, l'influence de ce développement sur la biodiversité doit être soigneusement surveillée.