Dans la partie nord de ce hotspot de biodiversité, dans l'écorégion des forêts tropicales humides du Queensland, les principales menaces incluent les espèces envahissantes et la fragmentation de l'habitat, bien que des zones substantielles soient désormais protégées dans la zone du patrimoine mondial des tropiques humides.

La fragmentation dans les parcelles forestières par la construction de routes et de lignes électriques augmente également la propagation des espèces exotiques envahissantes et facilite l'entrée du feu. Phytophthora Cinnamomi, une moisissure d'origine tellurique hautement envahissante, a entraîné un dépérissement important de la forêt tropicale sur certains sites. La pollution due au ruissellement agricole est une menace supplémentaire.

L'impact humain est encore plus important plus au sud, dans l'écorégion des forêts tempérées d'Australie orientale. La densité de population est plus élevée dans cette partie du hotspot, et les principales menaces sont liées au défrichement en cours de la végétation indigène pour le développement urbain, aux espèces introduites, aux régimes d'incendie modifiés, à la pollution de l'eau et aux plans d'utilisation de l'eau.

Les menaces dans les zones protégées du hotspot comprennent le tourisme, les régimes d'incendie modifiés, l'évacuation des eaux usées et les plantes et animaux envahissants. Les menaces spécifiques pour les amphibiens comprennent la chytridiomycose, qui est suggérée comme une cause d'un certain nombre d'extinctions récentes d'espèces et a été détectée pour la première fois comme une menace majeure pour les amphibiens dans le Queensland dans les années 1990.