Environ 30 pour cent de la végétation d'origine des forêts pluviales hivernales chiliennes-Valdivian reste en parfait état. Les écosystèmes du hotspot sont soumis à de fortes pressions dues aux activités humaines et au développement. Les menaces incluent :
La déforestation
La dégradation de l'habitat et le défrichement des forêts ont commencé au XVIe siècle avec l'arrivée des colons espagnols. Au cours des années suivantes, d'immenses zones de forêts de feuillus et de forêts sempervirentes ont été brûlées dans le sud. Les coupes forestières pour le bois d'œuvre et le bois de chauffage se sont poursuivies pendant une bonne partie du 16e siècle. Depuis les années 20, l'établissement de plantations à grande échelle de pins et d'eucalyptus a stimulé le défrichement de 1970 20,000 kilomètres carrés de végétation indigène dans la partie sud du hotspot, y compris les diverses forêts de la chaîne côtière. Ces forêts artificielles sont précieuses pour la stabilisation des sols et l'arrêt de l'érosion, mais elles fragmentent les derniers peuplements de végétation indigène. Cette scission ralentit le flux génétique entre les espèces végétales et agit comme une barrière pour de nombreux animaux spécialistes de l'habitat.
feux de forêt
Parmi les autres menaces majeures pour l'intégrité des écosystèmes chiliens figurent les incendies de forêt accidentels et intentionnels. Contrairement aux autres zones climatiques de type méditerranéen, les incendies ne sont pas une partie naturelle majeure de l'écosystème dans les forêts pluviales hivernales chiliennes-Valdivian, et les espèces végétales et animales ne sont pas adaptées à ses effets. Entre les années 1970 et 1990, environ 360 à 600 kilomètres carrés ont été brûlés chaque année dans cette région. Le pin de Monterey (Pinus radiata) est une espèce non indigène adaptée au feu qui est souvent plantée dans les plantations d'arbres chiliennes ; les incendies ici peuvent facilement se propager aux forêts indigènes vulnérables.
Surpâturage
Le surpâturage par les animaux domestiques a contribué à la forte dégradation des zones arbustives sous la limite des arbres. Le pâturage des chèvres et des lapins européens, introduit au début des années 1900, menace la végétation indigène dans les régions les plus sèches du nord.
Dans tout le hotspot, l'invasion d'espèces de mauvaises herbes et d'arbustes vivaces introduits, assistée par les incendies de forêt et le surpâturage, évince la végétation indigène. Le commerce et l'exportation illicites d'espèces indigènes, en particulier de reptiles, constituent également un problème dans certains cas.