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Plants
L'influence des liens géographiques passés entre l'Amérique du Sud et d'autres terres du sud, telles que l'Australie, est évidente dans le haut endémisme des plantes du hotspot. Sur les près de 4,000 40 plantes vasculaires trouvées dans ce hotspot, environ la moitié sont endémiques. Ces chiffres représentent environ les trois quarts de toutes les espèces végétales et endémiques chiliennes dans seulement XNUMX pour cent de la superficie du pays. Les espèces végétales notables dans le hotspot incluent les arbres araucaria, tels que l'arbre de puzzle de singe (Araucaria araucana), et la fleur nationale du Chili, le copihue ou cloches du Chili (Lapageria rosea).
Oiseaux
De manière caractéristique, les oiseaux ne sont pas très bien représentés dans ce hotspot. La diversité d'oiseaux de la région comprend un peu plus de 225 espèces. On y trouve une douzaine d'espèces endémiques, dont trois espèces nicheuses de pétrels. Le hotspot possède également deux genres d'oiseaux endémiques monotypiques : Séphanoïdes, qui est représenté par la couronne de feu Juan Fernández en danger critique d'extinction (S. fernandensis)—confiné aux îles Juan Fernández—et la couronne de feu à dos vert (S. séphaniodes); et Sylviorthorhynchus, qui est représenté par le fil des Murs (S.desmursii), limité à la forêt tempérée du centre-sud du Chili.
mammifères
L'endémisme des mammifères est relativement faible, avec 15 des près de 70 espèces endémiques. Il existe cependant cinq genres endémiques. Le genre rongeur Octodon comprend trois espèces de octodons, tandis que les quatre autres genres sont tous représentés par une seule espèce : la souris grimpante du Chili (Irenomys tarsalide), la musaraigne du Chili opossum (Rhyncholestes raphanurus), le coruro (Spalacopus cyanus) et le monito del monte (Dromiciops gliroïdes). Cette dernière espèce n'est pas seulement le seul genre d'une famille endémique, les Microbiotheriidae, mais le seul représentant connu d'un ordre entier, Microbiothérapie (c'est le seul hotspot à héberger un ordre de mammifères endémiques). L'espèce n'est connue qu'à proximité de Concepción au sud de l'île de Chiloé, dans le centre-sud du Chili et dans les montagnes à l'est de la frontière argentine.
Une espèce de rongeur endémique bien connue est le chinchilla en voie de disparition (Chinchilla lanigera), prisé pour sa fourrure douce et dense. Les chinchillas ont été chassés et piégés presque jusqu'à l'extinction dans la nature, bien qu'ils soient largement élevés en captivité. Le renard de Darwin en voie de disparition (Lycalopex fulvipes) n'existe que dans deux populations connues, une dans les forêts de l'île de Chiloé et une autre dans les montagnes côtières du parc national de Naheulbuta.
Reptiles
Les niveaux d'endémisme pour les reptiles et les amphibiens sont élevés. Environ les deux tiers des plus de 40 espèces de reptiles du hotspot sont endémiques. Un grand nombre de ces espèces sont des lézards, que l'on trouve à des altitudes moyennes à élevées. Le genre lézard Liolaemus représente les trois quarts des espèces de reptiles du hotspot et, parmi celles-ci, les deux tiers sont endémiques. Fait intéressant, il n'y a que deux représentants de la plus grande famille de serpents au monde, les Colubridae, le coureur vert chilien (Philodryas chamissonis), qui est endémique, et la couleuvre mince chilienne (Tachymenis chilensis).
Amphibiens
Environ les trois quarts des plus de 40 espèces d'amphibiens du hotspot sont endémiques. C'est l'un des rares points chauds avec une famille d'amphibiens endémiques (Rhinodermatidae), avec la grenouille de Darwin vulnérable (Rhinoderma darwinii) et la grenouille de Darwin du Nord en danger critique d'extinction (R. rufum) parmi les espèces phares les plus importantes de la région.
Poissons d'eau douce
Bien que le hotspot compte un peu plus de 40 espèces indigènes, il abrite deux familles endémiques remarquables : les poissons-chats de montagne (Nematogenyidae) et les poissons ressemblant à des perches du genre Percilia (famille des Perciliidae).