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Le Fonds de partenariat pour les écosystèmes critiques est une initiative conjointe de l'Agence Française de Développement, de Conservation International, de l'Union européenne, de la Fondation Hans Wilsdorf, du Fonds pour l'Environnement Mondial, du gouvernement du Japon et de la Banque Mondiale.
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Cartographier les forêts restantes des Comores pour étudier les moteurs de la déforestation et les alternatives possibles à la culture et à l'extraction de l'ylang-ylang, une huile essentielle qui est un élément clé de l'économie locale ; et définir des plans de conservation pour deux espèces menacées importantes qui dépendent de ces forêts, la chauve-souris frugivore de Livingstone (Pteropus livingstonii) et le lémurien mangouste (Eulemur mongoz).
Direction stratégique: 2 Permettre à la société civile d'intégrer la biodiversité et la conservation dans la prise de décision politique et économique.